ევროპული ავიაკომპანიები არ არიან დარწმუნებულნი, რომ ახალი EES სისტემით მუშაობა ეფექტური იქნება. ევროპარლამენტარებს მათ კითხვებზე პასუხი ჯერ არ გაუციათ.

ამ საკითხში ყველაზე აქტიური Ryanair-ია. ავიაკომპანიის მენეჯმენტი შეშფოთებულია, რომ ყველა მგზავრი გამგზავრებამდე 48 საათით ადრე უნდა შემოწმდეს EES სისტემაში. ეს ნიშნავს, რომ ბოლო წუთში ბილეთების გაყიდვის შესაძლებლობა აღარ იქნება. ეს ვარიანტი მოგზაურობის მსურველთათვის ძალიან პოპულარულია და მოაქვს მნიშვნელოვანი შემოსავალი გადამზიდავებისთვის.

გარდა ამისა, არ არსებობს კონკრეტული წესები მგზავრებისთვის, რომლებიც მოგზაურობენ გრძელვადიანი ვიზებით. მათ, სავარაუდოდ, სტანდარტული პასპორტის შემოწმება მოუწევთ. ეს პოტენციურად გამოიწვევს შეფერხებებს და უხერხულობას.

ევროკავშირის ხელისუფლებისგან  ავიაკომპანიები EES სისტემის ამოქმედებამდე აეროპორტების დატრენინგებას ითხოვენ.