საქართველოს ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების სამინისტროს შპს „საქაერონავიგაციის“, როგორც დამოუკიდებელი ორგანიზაციის ისტორია 1993 წლიდან იწყება.
ზუსტად 26 წლის წინ, 1993 წელს, საბჭოთა პერიოდში არსებული თბილისის გაერთიანებული ავიარაზმისა და ელექტრორადიოტექნიკური უზრუნველყოფის ბაზის შეერთების შედეგად, შეიქმნა სახელმწიფო საწარმო „საქაერონავიგაცია“.
1999 წელს „მეწარმეთა შესახებ“ საქართველოს კანონის საფუძველზე „საქაერონავიგაცია“ გარდაიქმნა შეზღუდული პასუხისმგებლობის საზოგადოებად. თვითდაფინანსების პრინციპზე გადასვლამ ორგანიზაციას სწრაფი განვითარების საშუალება მისცა – გაიხსნა პირველი საჰაერო მოძრაობის მართვის ცენტრი, მოხდა ახალი კადრების აყვანა და მათი მომზადება საერთაშორისო სტანდარტებთან შესაბამისად.
2010 წელს საქართველომ ევროკავშირთან „ერთიანი საჰაერო სივრცის შესახებ“ შეთანხმება გააფორმა. ამას უკავშირდება საქართველოს ევროკონტროლში ინტეგრაციის პროცესის დაწყება, რაც საბოლოოდ 2014 წელს გაწევრიანებით დასრულდა. ექსპერტები აღნიშნავენ, რომ ეს იყო ერთ-ერთი ყველაზე წარმატებული ინტეგრაცია ევროკონტროლის ისტორიაში. შპს „საქაერონავიგაციის მიერ განხორციელებული არაერთი წარმატებული პროექტი, სწორედ ევროკონტროლთან თანამშრომლობას უკავშირდება.
ბოლო წლებში „საქაერონავიგაციის“ მიერ განხორციელებულმა პროექტებმა, ახალმა ტექნოლოგიებმა, დახვეწილმა პროცედურებმა და საერთაშორისო საავიაციო ორგანიზაციებთან მზარდმა თანამშრომლობამ, კიდევ უფრო ეფექტიანი გახადა საჰაერო მოძრაობის მართვა, რაც აისახა კიდეც საჰაერო ნაკადების სტაბილურ ზრდაზე.
შპს „საქაერონავიგაციამ“ გასული წლებში ქართული ავიაციის განვითარებისთვის უმნიშვნელოვანესი პროექტები განახორციელა, რამაც კიდევ უფრო მიმზიდველი გახადა საქართველოს საჰაერო სივრცე უცხოური ავიაკომპანიებისთვის. მაღალკვალიფიციური და სერთიფიცირებული თანამშრომლები, მაღალტექნოლოგიური სისტემები და ინფრასტრუქტურა კვლავაც რჩება ორგანიზაციის მომავალი წლების უმთავრეს პრიორიტეტად.
